树干：高可达12米，乔木，枝广展，小枝有褐色短柔毛。树干坚实，树冠繁茂。
叶：互生，椭圆形，革质，长20～30厘米，脉上略被星状毛。
花：“老茎生花”，花直接开在树干或主枝上，直径约1.8厘米；萼粉红色，有臭味。5深裂；花瓣5，下部凹陷成盔状，上可可 树干部匙形向外反卷；雄蕊花丝基部合生成筒状，退化雄蕊5，线形，发育雄蕊1～3枚聚成1组，和退化雄蕊互生。
种子：即可可豆；一个果实内有30-50粒种子，每粒种子外面附有白色胶质，可以通过发酵除去。种子卵形，长2.5厘米。
可可果实呈椭圆形，长度不等，种子埋藏在胶质果肉中，通常30～40粒，卵形或椭圆形，长1.8～2.6cm，直径1～1.5cm，每粒种子外面附有白色胶质，种子表面的胶质可以通过发酵除去。每粒种子或可可豆包括席卷的子叶和胚，外面有种皮包围。子叶颜色由白色到深紫色，不同品种的子叶颜色不同。
可可豆比咖啡豆大一些，比咖啡豆扁，中间的凹痕比咖啡豆的浅一些，凹痕呈波浪形。
