腌腊制品加工中的优势菌只要有：乳酸菌、酵母菌、微球菌、葡萄球菌和霉菌等。研究表明，在加工过程中，腊鱼中的乳酸菌、酵母菌、葡萄球菌和微球菌会大量生长繁殖。在腌腊鱼中可分离鉴定出20株乳酸菌，其中H株为香肠乳杆菌（乳杆菌属），为腌腊鱼加工中优势乳酸菌。乳酸菌主要有5种，分别为：食品乳杆菌、植物乳杆菌、乳酸片球菌、弯曲乳杆菌和戊糖片球菌，其中乳酸片球菌的粗蛋白酶活力和低温高盐耐受性优于其他菌株，适用于加工腊鱼。
水产品种常见的食源性致病菌有：金黄色葡萄球菌、单核细胞增生李斯特氏菌、沙门氏菌、霍乱弧菌、创伤弧菌、肠出血性大肠埃希氏菌、副溶血性弧菌、溶藻弧菌等，可以引起人类的肠道疾病；发酵肉制品中的致病微生物有沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、肉毒梭菌、李斯特菌等。假单胞菌、产碱杆菌、微球菌和链球菌等会引起肉的发粘，这些细菌在代谢过程中产生挥发性的甲酸、乙酸、丙酸和丁酸，而产生异味。为了控制腌腊鱼制品微生物的污染，可以采取控制原辅料的初始菌数、加工过程中的卫生状况和温度等措施。另外，也可对产品进行紫外线杀菌、 高压杀菌和微波杀菌等高效的杀菌技术，从而保证腌腊鱼产品从原料到终端消费者的质量和安全。
