从食品分类的角度看，臭豆腐属于豆腐乳一族，常见的酱豆腐（红方，红腐乳）就是它的兄弟，这些豆腐乳的制作方法因各地气候、风俗、人们的口味爱好不同而不同。大体上来说，豆腐乳的制作方法分微生物培养型与腌渍型两大类，其中，用微生物培养的豆腐乳又可分为真菌型豆腐乳和细菌型豆腐乳。臭豆腐的制作工艺因此分为两种：腌渍型工艺和微生物发酵型制作工艺。
腌渍型工艺的臭豆腐以长沙臭豆腐为代表。制作这种臭豆腐时，首先要用溶解的青矾水浸泡豆腐坯，青矾的主要成分是硫酸亚铁，起上色和产生臭豆腐特殊气味的作用。浸泡一段时间之后，人们就会把配置好的臭卤倒进去，用卤水再浸泡一段时间，当这些豆腐坯成形入味之后，就把豆腐坯捞出来，沥干，油炸，再刷上一层调味料就可以吃了。在以前，人们还有一种用腌制雪里红的咸菜臭水来浸泡豆腐坯的制作方法，但是这种制作方法大约需要15——30天，对于继续销售臭豆腐的商家而言，时间就是金钱，现在很少被采用了。
而微生物发酵型臭豆腐的制作工艺就麻烦多了，这种臭豆腐是从大豆开始准备的。首先人们对大豆进行筛选、浸泡、冲洗、研磨、除渣，将大豆制成豆浆，再制成豆腐脑，然后压榨成形、切块，到了这一步时，不同的商家就会在豆腐块上接种自己家独有的细菌或真菌，然后任其生长，当豆腐块被这些微生物“滋润”得差不多，已经长满毛的时候，商家再把这些毛搓掉，进一步腌制，过段时间再浇上自己制作的卤水后就可以装坛了，装好坛的臭豆腐一般不会立刻出售，而是让它在坛内继续发酵一段时间，最终获得成品臭豆腐。用这种工艺制出来的臭豆腐质地软，更好吃，但也需要花费更多的时间和经历。
不过即便如此，臭豆腐的食用风险我们也不得不考虑到。对于腌渍型工艺的臭豆腐，在腌渍的时候会用到青矾，而一些不良商家为了省钱往往会用工业青矾代替食用青矾，这些工业青矾在生产时会混有很多重金属，食用后会导致腹痛、恶心、呕吐，甚至肺积水、休克等中毒症状。更有甚者还用国家不允许添加的硫化钠代替青矾进行染色、入味，这都严重威胁到了消费者的健康。而发酵型臭豆腐虽然不用青矾，但在接种微生物发酵的时候，如果消毒措施、密封措施做得不好，就容易引入有毒细菌，比如大肠杆菌、金黄色葡萄球菌等。它们在被人体食用后同样会引起疾病。即使生产没问题了，销售又可能是个隐患，很多油炸臭豆腐都喜欢开在学校、小区门口，紧临马路，一方面，空气中的脏东西会污染到食物，另一方面，长时间不换的油有可能在氧化之后变为致癌物质。
