关于寿司的起源众说纷纭，在古代东南亚、中国沿海都有和寿司制作工艺相似的食品，但形态却不同。日本寿司以紫菜或海苔卷米粒与生鱼片、黄瓜、肉松、焦葱为主，配上芥末、辣根、酱油、醋。而在中国沿海有一种利用糯米、蛋黄、脆皮、花生、蔬菜、熟虾仁做成的圆柱形饭团，叫做糍饭棒，用一层熟面皮包裹，方法和握寿司有点像，但是材料和形状不同。相传糍饭棒来自春秋时期的越国（浙江地区），属于古越民的传统美食。
而在高句丽臣服中国后的公元200年即后汉年代，中国已开始流传鲊这种食品，相传由东北亚海洋民族（扶余、东秽、马韩等）引进。在辞典中的解释为以盐、醋、米及蒸熟的鱼段腓制而成的食品。有时采用炸脆鱼条作为主料和饭团拌在一起，形状是一个椭圆的球形，形似橄榄球。但大多数时候没有固定形状，鲊又作粉蒸鱼排或米蒸鱼排，用的却是熟米，可以加热使用，也可以和熟鱼冷拌。宋朝年间，中国战乱频仍，这正好为逃难的充饥食品，而品种更多，由菜蔬类，鱼类，肉类等组合捏制而成，但因为没有固定形态，因此和日本寿司有所差异。
汉字传入日本初期，日本加进自己对汉字的理解，将日本的一些食物用与之意义相近或相异的汉字来替代，于是日本的“すし（sushi，读作“丝西”）”就变成了“鲊”，“さしみ（sashimi, 读作“撒西咪”）”就变成了“鮨”。
后汉时代日本也出现了用米饭生鱼和酱汁做成的一口就可以吃掉的小型食品，比中国的鲊要小的多。这便是后来日本寿司的祖宗。而同时期的中国的鲊（米拌鱼条）可以看作是寿司的兄弟或邻居。只是现今没有广泛流传和普及。
公元700年，即奈良年代，日本早期的小型食品被命名为寿司，当成节日食品来使用。寿司逐渐普及为日常食品，特别是一些渔夫用一些醋腌制过的饭团，加上一些海产或肉类，压成一小块，整齐地排列在一个小木箱之内，作为沿途的食粮。镰仓幕府时代，寿司已广泛流传，成为一种普通的物品和日本饮食文化的象征。
