根据《农业部社会团体“小金库”专项治理工作方案的通知》和部财务司《关于社会团体和国有企业“小金库”专项治理重点抽查有关事项的通知》要求和部署，中国绿色食品协会认真组织开展了“小金库”自查自纠专项治理工作，并积极配合部治理“小金库”工作领导小组检查组进行了重点检查。经检查，未发现“小金库”问题。
按照农业部“小金库”专项治理的步骤，协会成立了“小金库”专项治理工作领导小组（工作小组），全面负责指导和协调专项治理工作，落实有关工作，解决有关问题。
为落实好此次专项治理工作，协会组织全体人员传达学习了农业部关于“小金库”专项治理有关文件和危朝安副部长在农业部社会团体和国有企业“小金库”专项治理工作布置会议上的讲话精神，明确了“小金库”治理的主要范围和重点，使大家进一步认识到开展此项工作的重要性和严肃性，统一了思想，提高了认识，明确了要求，强化了责任，并对自查自纠工作进行了部署。
在协会“小金库”专项治理工作领导小组的领导下，按照自查自纠不走过场、不留死角，自查面和自纠率达到100%的要求，协会制定具体实施方案，细化自查整改措施，提高工作的针对性，认真扎实地进行了自查自纠，未发现“小金库”问题。
按照《农业部社会团体“小金库”专项治理工作方案的通知》要求，协会认真填报了“小金库”自查自纠情况的相关报表，责任人以书面形式对协会自查自纠结果做出承诺并签订了承诺书，同时在协会内部进行了自查自纠情况通报，接受群众监督，保证了自查自纠工作的全面落实。按照有关要求，协会于8月30日向监管局报送了《关于中国绿色食品协会自查自纠情况的报告》。
9月16日，由部人事劳动司李奇剑处长带队的检查组对协会进行了抽查。协会对此次重点检查高度重视。协会常务副会长王运浩同志向检查组介绍了协会基本情况和自查自纠工作开展情况。协会有关工作人员和负责协会记账工作的诚得信会计师事务所专业人员主动配合检查组北京崇信会计师事务所专业人员对协会票据管理、银行账户管理等会计基础工作情况进行了检查。检查组认为，我协会财务制度健全，财务收支手续完备、签字齐全，内部控制制度完整，执行有效。经检查，未发现“小金库”问题。
今后，协会将通过开展“小金库”专项治理工作为契机，在部财务司和监管局的帮助指导下，加强对国家法律制度、财经法规的学习、理解和宣传，通过不断完善内控制度和预防措施，全面加强资产管理，不断创新管理思路，改进管理方式，完善管理机制，全面提高协会管理水平和抵御风险的能力，保证协会工作规范运行。
